故事發生在近千年後的地球。人工智能與人類的大戰後，大地上怪獸“太歲”橫行，自然環境與社會形態都發生鉅變。人類發明了“BOX”——櫝匣相關的各一系列新技術，以猛獸匣爲搭檔，與敵人展開了激烈抵抗。 能夠與猛獸匣夥伴“共振”的精英們，被稱爲匣獸師。原本無人問津的問題匣獸師六馬被小恐龍猛獸匣“狄奧”選中，開始執行保衛城邦的任務。在艱苦的訓練中六馬結識了諸多匣獸師和他們的猛獸匣夥伴，他們接到馳援“朱雀城”的命令，故事由此開啓……